Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

События фильма начинаются с появления космического подъемника "Эндимион" в Академии-Сити. Главные персонажи, Тома Камидзё и Индекс, встречают на своем пути Арису Мэйго, эспера нулевого уровня. Вскоре выясняется, что Ассоциация магов преследует Арису и готова на все, чтобы достичь своих целей. В ответ на угрозу, возникает движение сопротивления, возглавляемое Шатаурой Секвенцией. Однако вскоре выясняется, что контроль за Арисой может стать причиной новой войны между магическим и научным мирами. Стэйл Магнус предупреждает главных героев о потенциальной опасности, которую представляет Ариса, если ее использовать как орудие в борьбе за власть. Теперь Тома, Индекс и их друзья должны объединить усилия, чтобы предотвратить разрушение и сохранить мир в Академии-Сити. Вопрос принадлежности и выбора становится более актуальным, чем когда-либо, и герои вынуждены принять решения, которые определят будущее всех сторон конфликта.